Fundado em 2002, na cidade de Vila Velha, o Vilavelhense Futebol Clube surgiu com o objetivo de representar o município no cenário profissional do futebol capixaba. Utilizando as cores azul, vermelho e branco, inspiradas na bandeira da cidade, o clube rapidamente deu os primeiros passos rumo à consolidação no esporte estadual.
A profissionalização ocorreu em março de 2003, e logo na temporada de estreia o Vilavelhense mostrou competitividade. Disputando a Série B do Campeonato Capixaba, o clube realizou uma campanha consistente e conquistou o acesso à elite ainda no seu primeiro ano de atividade profissional, ao superar a Desportiva Capixaba na decisão da competição e levantar a sua primeira taça. O acesso precoce marcou o início de um período de afirmação no futebol estadual. No Campeonato de 2004, ficou em 6º lugar.
Ao longo dos anos seguintes, o Vilavelhense manteve presença frequente na Série A do Capixabão, conseguindo se estabelecer como uma equipe competitiva, mesmo diante das dificuldades estruturais e financeiras comuns aos clubes do Espírito Santo fora do eixo da capital.
O momento mais relevante da primeira fase da história do clube aconteceu em 2006, quando o Vilavelhense conquistou o título da Copa Espírito Santo. Na campanha, a equipe se destacou pela regularidade e chegou à decisão contra o Estrela do Norte, onde acabou vencendo os dois jogos da final: por 1 a 0, no Sumaré, gol de Edinho, e 3 a 1 no Araripe, com gols de Fernando, Lei e Edinho, garantindo o troféu e alcançando reconhecimento em nível estadual.
No ano seguinte, o clube voltou a disputar a final da competição, terminando com o vice-campeonato após enfrentar o Jaguaré.
A trajetória do Vilavelhense, no entanto, também foi marcada por períodos de instabilidade. Ao longo da década seguinte, o clube alternou participações nas competições oficiais, enfrentando dificuldades financeiras e administrativas que impactaram diretamente sua presença contínua nos campeonatos estaduais. Em alguns momentos, o time chegou a se afastar do calendário profissional, retomando suas atividades de forma gradual.
Em 2013 ficou marcado nacionalmente pela contratação do atacante Túlio Maravilha, ídolo do Botafogo, e que buscava o seu gol número mil, segundo as suas contas. Com a camisa da equipe canela-verde, marcou o gol 999, o qual apelidou de “gol moqueca”, na vitória por 2 a 1 sobre o Linhares, no estádio Virgílio Grassi, em Rio Bananal, aproveitando rebote do goleiro.
O retorno ao protagonismo aconteceu em 2020. Disputando a Série B do Campeonato Capixaba, o Vilavelhense realizou uma campanha sólida e confirmou o título da competição ao vencer o Pinheiros na decisão. A conquista representou o segundo título da Série B na história do clube e marcou o retorno à elite estadual após um longo período afastado da primeira divisão.
Além do desempenho no futebol profissional, o Vilavelhense também construiu uma trajetória relevante nas categorias de base, com títulos estaduais em diferentes faixas etárias. O trabalho de formação reforçou a identidade do clube como uma instituição voltada ao desenvolvimento de atletas e à manutenção do futebol em Vila Velha.
Nos últimos anos, o Vilavelhense voltou a figurar de forma constante no cenário estadual, disputando a Série B e buscando novas oportunidades de retorno à elite.
